48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_R0002 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010803  Clim_R0002  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0850764  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0054  tRNA-Val  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0002  tRNA-Val  97.3 
 
 		 74 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.18537  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0001  tRNA-Val  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.069821  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t01  tRNA-Val  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0313004  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0002  tRNA-Val  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.159605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0002  tRNA-Val  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16710  tRNA-Val  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.879903  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0005  tRNA-Val  89.83 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000127143  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0062  tRNA-Val  91.3 
 
 		 75 bp  60  0.00000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.174357 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0032  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0038  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.129707  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0047  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.280902  normal  0.182709 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0033  tRNA-Val  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.42496  normal  0.471878 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0037    86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.458028  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Val-2  tRNA-Val  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0064  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA42  tRNA-Val  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.263748  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07701  tRNA-Val  91.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.895897  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1333  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00705327  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Met-1  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.596909  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0014  tRNA-Val  86.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0064  tRNA-Val  86.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.614158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0065  tRNA-Val  86.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0032  tRNA-Met  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0021  tRNA-Ala  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0171602  hitchhiker  0.000301734 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0021  tRNA-Ala  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000166714  normal  0.0117064 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0006  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.436797  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12800  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00502179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0047  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0717385  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0252  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0552  tRNA-Pro  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.775788  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0553  replicative DNA helicase  100 
 
 		 1485 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.78949  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.452504  normal  0.0973611 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAMetVIMSS1309092  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.164096  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.728322 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAMetVIMSS1309166  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.862204  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAMetVIMSS1309107  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.856151  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>