298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0062 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  98.21 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  96 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0009  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000152408  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0058  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0035  tRNA-Lys  91.8 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.073157  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 80 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309070  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>