More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0034 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0058  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 78 bp  113  6e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 80 bp  79.8  0.00000000000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0029  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.323491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0123  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.553606  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0021  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.13563  hitchhiker  0.00625278 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0006  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.736835  normal  0.711036 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>