283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Arg-3 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0017  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0314744  normal  0.604641 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2513  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0504098  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2217  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000193879  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0071  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0216295  normal  0.909849 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0001  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000193558  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0037  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000022611  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0049  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136195  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0058  tRNA-Arg  90 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>