296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_R0023 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0024  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0010  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0048  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.544929  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0055  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0773774  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0041  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.225323  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0031  tRNA-Arg  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.501356  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0033  tRNA-Arg  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12800  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00502179  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0006  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.436797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0086  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0038  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000962108  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0075  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306891  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0053  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000144377  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0011  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.223913  normal  0.579153 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.318513  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0038  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.111435  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0038  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0257046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0010  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.552541  hitchhiker  0.000550393 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>