160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0079 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  98.63 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.318513  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0001  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.696589  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0031  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.663403  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0031  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0012  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  85.9 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1155  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.268031  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0036  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0040  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000378947  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.0775031  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5695  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 81 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27060  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.14879  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02200  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_R0025  tRNA-Arg  84.21 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.954082 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0057  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.921424  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0011  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>