177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_R0064 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  93.44 
 
 
79 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.16 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  90.16 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  90.16 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0028  tRNA-Val  93.33 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.252739  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2192  tRNA-Arg  90.38 
 
 
79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000430612  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1396  tRNA-Arg  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00150551  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  92.86 
 
 
73 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2498  tRNA-Arg  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280083  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2794  tRNA-Arg  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468195  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3216  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.415947  hitchhiker  0.00933438 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1769  tRNA-Arg  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  normal  0.0122655 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  91.3 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2297  tRNA-Arg  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00877192  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1603  tRNA-Arg  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1167  tRNA-Arg  92.86 
 
 
79 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.394373 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  85.51 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  85.51 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  85.51 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0040  tRNA-Arg  96.88 
 
 
77 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0057  tRNA-Arg  89.29 
 
 
73 bp  56  0.000001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  84.51 
 
 
74 bp  54  0.000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  84.51 
 
 
77 bp  54  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  89.36 
 
 
77 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  92.31 
 
 
77 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  85.07 
 
 
77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0042  tRNA-Thr  87.3 
 
 
76 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000000217777  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  88 
 
 
76 bp  52  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0032  tRNA-Arg  87.93 
 
 
76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0147918 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0033  tRNA-Arg  87.93 
 
 
76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.88902  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  89.13 
 
 
77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3534  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00384418  hitchhiker  0.000000731088 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2907  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000134829  hitchhiker  0.0000000000437097 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2262  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54251  hitchhiker  0.00000000419015 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  92.11 
 
 
77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  84.85 
 
 
77 bp  52  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  84.06 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  84.06 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  84.06 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  84.06 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  84.06 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  83.12 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09370  tRNA-Val  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.12642  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  84.06 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  90.24 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  85.25 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  96.43 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  87.5 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  93.75 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  86.54 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0023  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0740  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.175889 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  89.74 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0035  tRNA-Trp  100 
 
 
76 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.349144  normal  0.230187 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  96.3 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0052  tRNA-Arg  85.71 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.483727  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>