201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE_tRNA-Arg-4 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0057  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0695  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  90 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  90 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2016  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0030  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.394889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  88.64 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>