194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PGt34 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  93.22 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  93.22 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.53 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0017  tRNA-Lys  88.57 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.253247  normal  0.0276593 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  89.47 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  89.09 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0010  tRNA-Lys  88.89 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.354974  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  87.93 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0003  tRNA-Lys  88.52 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.685555 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0005  tRNA-Lys  88.52 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.210303  normal  0.0896223 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1769  tRNA-Arg  87.5 
 
 
79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  normal  0.0122655 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1603  tRNA-Arg  87.5 
 
 
79 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  88.46 
 
 
77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1167  tRNA-Arg  87.5 
 
 
79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.394373 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  87.5 
 
 
80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2907  tRNA-Arg  87.5 
 
 
79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000134829  hitchhiker  0.0000000000437097 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2498  tRNA-Arg  87.5 
 
 
79 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280083  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  88.14 
 
 
78 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  94.29 
 
 
74 bp  54  0.000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  93.02 
 
 
73 bp  54  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2262  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54251  hitchhiker  0.00000000419015 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3216  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.415947  hitchhiker  0.00933438 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1396  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00150551  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly02  tRNA-Gly  88.89 
 
 
79 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.73255 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2794  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.468195  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  86.21 
 
 
77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  94.12 
 
 
74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2297  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00877192  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  94.12 
 
 
79 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  94.12 
 
 
77 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  94.12 
 
 
79 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2192  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000430612  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  85.96 
 
 
77 bp  50.1  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.71 
 
 
80 bp  48.1  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3534  tRNA-Arg  85.71 
 
 
79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00384418  hitchhiker  0.000000731088 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  91.67 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  91.43 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  91.43 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  91.43 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.383585 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>