260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0017 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 77 bp  135  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0325  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.924352  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0058  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0058  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0029  tRNA-Val  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000771916  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>