298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0020 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  94.2 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0058  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0058  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0050  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0049  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 80 bp  61.9  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>