285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_R0042 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 76 bp  137  4e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 76 bp  137  4e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  98.61 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  98.59 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0046  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0761072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0033  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0061  tRNA-Gly  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1467  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000000429546  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.369409  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0438  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644893  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0015  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.5531599999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0028  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1327  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0266697  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0009  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0539709  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0017  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000311098  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0056  tRNA-Gly  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.34755  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1718  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000000351586  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0040  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0040  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0015  tRNA-Gly  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2232  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000940116  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0008  tRNA-Gly  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2192  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000563667  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1674  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00000649019  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0039  tRNA-Gly  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265352  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0012  tRNA-Gly  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0572972  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0066  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00320497 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0006  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.285278  hitchhiker  0.0000641182 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0025  tRNA-Gly  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0014  tRNA-Gly  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000000286454  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0051  tRNA-Gly  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>