More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0057 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  91.38 
 
 		 324 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  88.89 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>