297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_R0016 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  153  7e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  96 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 80 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0003  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.611935  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 80 bp  67.9  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309273  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  95 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  95 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>