299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05228 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  92.75 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0056  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000671008  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0043  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059737 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0006  tRNA-Lys  88.41 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>