More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0017 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  97.44 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  97.37 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  95 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0044  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00224472  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>