299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I3177t on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  8e-17  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0021  tRNA-Lys  91.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0017  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0032  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.717284 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0064  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00996897  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0059  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925034  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0038  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.903722  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>