299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_654 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 80 bp  85.7  0.000000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  97.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0718  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.953055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0015  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2213  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.140545  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>