209 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0036 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0096  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.157485 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0065  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00484  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0490424  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0075  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0107603 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0065  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0119  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.495298  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0013  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.825441  normal  0.630995 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0005  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3069  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0060  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.863552 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0056  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0038  tRNA-Trp  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.23193 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3262  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0085  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0005  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0066  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0068  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3988  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0036  tRNA-Trp  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0303875  normal  0.494779 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0005  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00400024  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0005  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0004  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.710859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3916  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000194682  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  84.06 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3301  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0002  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.630561  normal  0.469319 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1533  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>