70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_R0060 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS00484  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0490424  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.863552 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0075  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0107603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.630561  normal  0.469319 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3069  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3988  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3916  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000194682  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1533  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3301  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0068  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0066  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3262  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0119  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.495298  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.825441  normal  0.630995 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0085  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0069  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139316  normal  0.953487 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3277  tRNA-Ser  100 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0187  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 65 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.818817  hitchhiker  0.0000144488 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0040  tRNA-Val  96.3 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0016  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0798603  decreased coverage  0.00114239 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000300165  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000177541  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000187587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000000806008  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t39  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000107973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>