73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0019 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0065  tRNA-Arg  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0085  tRNA-Arg  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  91.43 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3069  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3301  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1533  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3916  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000194682  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3988  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0005  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0056  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0075  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0107603 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0005  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0002  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.630561  normal  0.469319 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0005  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0013  tRNA-Arg  90.28 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.825441  normal  0.630995 
 
 
-
 
NC_003295  RS00484  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0490424  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0065  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0119  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.495298  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0060  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.863552 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3262  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  94.64 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0066  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0068  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0005  tRNA-Arg  90.28 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0069  tRNA-Arg  89.71 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.139316  normal  0.953487 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  87.5 
 
 
73 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  85.53 
 
 
75 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3277  tRNA-Ser  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  90.48 
 
 
79 bp  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  94.59 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0032  tRNA-Arg  90.24 
 
 
75 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 
73 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  92.5 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  90.91 
 
 
74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  90.7 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0002  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.318513  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0002  tRNA-Arg  90.7 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0106589  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  89.47 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14031  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000460426  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0039  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.02275  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  89.47 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0067  tRNA-Arg  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.74464  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0022  tRNA-Gly  88.1 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.997438  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>