183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0001 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0065  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0085  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.962482 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0042  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0110634  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0016  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.889676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0017  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0454906  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0002  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.630561  normal  0.469319 
 
 
-
 
NC_003295  RS00484  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0490424  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0005  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0065  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0119  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.495298  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0013  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.825441  normal  0.630995 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3262  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0066  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0068  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0005  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0005  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0005  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0060  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.863552 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3301  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.979254  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1533  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0075  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0107603 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3916  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000194682  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3988  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3069  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0056  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0047  tRNA-Arg  84.81 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.116443  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0013  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000258053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109665  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30020  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00306954  normal  0.612102 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>