155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0024 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0041  tRNA-Arg  95.83 
 
 		 76 bp  119  9e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0315154 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 73 bp  103  5e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  93.85 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R33  tRNA-Arg  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0053  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0037  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000145223 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0018  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0239908  hitchhiker  0.00100418 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.951342 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0005  tRNA-Met  84.62 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.245348 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.552883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0049  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0239971 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  86.27 
 
 		 324 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0001  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.696589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0013  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0934099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0079  tRNA-OTHER  100 
 
 		 121 bp  46.1  0.001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00626142  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>