More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Arg-2 on replicon NC_002620
Organism: Chlamydia muridarum Nigg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  100 
 
 		 324 bp  145  2e-33  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  98.31 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  98.31 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  98.31 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  98.31 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  93.44 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0021  tRNA-Asn  89.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0081  tRNA-Asn  89.23 
 
 		 75 bp  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0062  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.534702 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  54  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>