135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0016 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0035  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.262035  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0032  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0036  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.398617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0032  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.51737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  89.66 
 
 		 324 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  88.57 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0017  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0045  tRNA-Met  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0043  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0069  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t078  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0054  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0055  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.782572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.396144 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0090  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0099  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0108  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t032  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0024  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0042  tRNA-Met  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.873086  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0042  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0415114  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0026  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0263257  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0039  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.780721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0043  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0039  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0022  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.99617  normal  0.831613 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14018  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0010  tRNA-Arg  83.33 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>