292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_R0008 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0597  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.215677  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0600  tRNA-Lys  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.212057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000427256  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1415  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.590249  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0515  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.317798  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0030  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0035  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00221382  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1159  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00817657  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0509  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.226586  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0021  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1740  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000195232  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0512  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.299148  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1737  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000166556  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1162  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0178248  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  88.14 
 
 		 324 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0017  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000250994  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>