217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_01392 on replicon NC_009783
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 80 bp  60  0.00000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  85.94 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna143  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000903927  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01243  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01240  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna135  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna147  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01238  tRNA-Met  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna132  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000245079  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  84.38 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0123  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.553606  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0038  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.903722  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>