195 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0031 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  97.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.18 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0535  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.266332  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  90.2 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0058  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.486164 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>