137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene tRNA-Arg-4 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0010  tRNA-Arg  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0798313  hitchhiker  0.000168441 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0044  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.4333  hitchhiker  0.000000000614004 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2735  tRNA-Arg  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152126  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0031  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28350  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.145936 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00070  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00000758823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0001  tRNA-Ile  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000567837 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0058  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.11838  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  84 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0015  tRNA-Val  96.67 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0605809  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_966  tRNA-Val  96.67 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00216309  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00178807  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0001  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.916534 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1247  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.207064  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0009  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.389462  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0033  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000392062  normal  0.115132 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0045  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 78 bp  50.1  0.00008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.457382  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0036  tRNA-Val  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.432227 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00067  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000401991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0046  tRNA-Val  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.146675 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0039  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0037  tRNA-Gly  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.434121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0126  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00000000558638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0015  tRNA-Gly  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000519668  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAValVIMSS1309132  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0091  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0053  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0124  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000592514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4161  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4211  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000122851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0089  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0016  tRNA-Val  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0008  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000368398  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.265637  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0054  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAValVIMSS1309173  tRNA-Val  100 
 
 		 72 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.124324  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0044  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.462611  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0023  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.169175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3149  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000320663  hitchhiker  0.0000000000372776 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0053  tRNA-Val  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0873696  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>