More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_R0033 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t25  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t26  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.199412  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA54  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00144868  normal  0.459831 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA55  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00383628  normal  0.467679 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R68  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000247988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R69  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000230039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R70  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000026537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 80 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0049  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>