159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0009 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  97.62 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0003  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000000176947  hitchhiker  0.0000474018 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4297  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.801361  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0040  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0016  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.448611  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0007  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  93.75 
 
 		 324 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>