299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0064 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  94.37 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  92.75 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  91.3 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  91.3 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  91.3 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.19 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  90.14 
 
 
79 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  88.41 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  95.56 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  95.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  88.41 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  88.41 
 
 
74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  95.56 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  88.41 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  95.45 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  91.53 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  88 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  91.53 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  91.53 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  87.32 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0055  tRNA-Arg  86.67 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000044342  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.49 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  93.48 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  93.48 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  86.96 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  88.52 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  88.52 
 
 
74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  88.52 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  86.11 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  95 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4297  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.801361  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0040  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  85.53 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0016  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.448611  normal  0.584402 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  95 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  90.38 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  88.33 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  89.83 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  89.09 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  85.92 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0004  tRNA-Arg  97.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000356411  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  86.57 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  94.87 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0043  tRNA-Arg  90 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059737 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  90 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  92.86 
 
 
74 bp  60  0.00000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.89 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.89 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  88.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  90.57 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0006  tRNA-Arg  86.96 
 
 
73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0483173  normal  0.730879 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  85.51 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0065  tRNA-Arg  84.93 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.68192e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.89 
 
 
74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.89 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  94.44 
 
 
74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  90.91 
 
 
72 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  85.94 
 
 
77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>