More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_R0034 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0022  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000000830353  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  94.64 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0045  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.146924  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  92.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  92.06 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0008  tRNA-Thr  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0245883  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  92.45 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0824  tRNA-Lys  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0733527  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0009  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.360385 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0011  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000312741  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0011  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  95.24 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0010  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 72 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0028  tRNA-Lys  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.458439 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0025  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0028  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0815956 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6025  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142522  normal  0.946345 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_R0087  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0078  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.204281 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0025  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.287713  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0087  tRNA-Thr  90.57 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000016212  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0017  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000527729  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt04  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4589  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2230  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000875758  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2194  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000558715  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0062  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0026  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21552  normal  0.0153028 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0016  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0047  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.596916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>