145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_R0040 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  95.52 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0037  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.678102  normal  0.176002 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  97.83 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0068  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.754645  normal  0.377618 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0011  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0029  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.304599 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0056  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000119061  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4320  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.438611  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0026  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0422227  normal  0.1826 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0044  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.709803  normal  0.0256075 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0008  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.119735  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0003  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0049  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000230813  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0029  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.320042  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0030  tRNA-Arg  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.324137  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA32  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.377477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0019  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.737932  normal  0.0155784 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0006  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0012  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.802134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0004  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000567869 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0026  tRNA-Arg  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0009  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.190028  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0605047  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0030  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.238826  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0179  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0022  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000027529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0041  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000324571  normal  0.101543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0020  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14043  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0938748  normal  0.536997 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0026  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000000155557  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0057  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00400024  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0038  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.427754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0580  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0098  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000237653  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0009  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0037  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0051  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0003  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000538631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0003  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0296  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0007006  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0562  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0005  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000152331  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0019  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000464578  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0019  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000230793  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000884624  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0054  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0007  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0055  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>