160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_t0490 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 74 bp  97.6  3e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0638  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375137  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000152182  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000137515  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4566  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5793  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0120  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000162485  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  90 
 
 		 324 bp  63.9  0.000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0007  tRNA-Gly  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000198503  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1333  tRNA-Arg  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00705327  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0028  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00528012  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0009  tRNA-Lys  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.000488659  normal  0.0708326 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.75632  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_R0031  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0586  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00782572  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1745  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0777  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0772068  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>