230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6039 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  92.19 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt34  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1769  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  normal  0.0122655 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1603  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2498  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280083  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1167  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.394373 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2907  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000134829  hitchhiker  0.0000000000437097 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0040  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2192  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000430612  hitchhiker  0.000000134605 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000152182  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 80 bp  54  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5793  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000137515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0120  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000162485  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3216  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.415947  hitchhiker  0.00933438 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2262  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54251  hitchhiker  0.00000000419015 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2297  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 79 bp  54  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00877192  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>