More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_R0052 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0002  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000177149  normal  0.0400034 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0031  tRNA-Arg  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0490  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0080  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t64  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248641  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t65  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.247556  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t66  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.190236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t67  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.19275 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0045  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0174897  normal  0.909079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0044  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00997597  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0078  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0042  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0180356  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0043  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0100237  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0079  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0081  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2498  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280083  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1603  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1769  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  normal  0.0122655 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1167  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.394373 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2907  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000134829  hitchhiker  0.0000000000437097 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0021  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  7.81714e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0022  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202017  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t26  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.199412  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0034  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000269969  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA54  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00144868  normal  0.459831 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0033  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000989089  hitchhiker  0.000000187965 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4691  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.89876e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4690  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.01882e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0032  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000959667  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4689  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.97253e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>