299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_t67 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_t64  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.248641  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t65  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.247556  normal  0.186781 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t66  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.190236 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t67  tRNA-Arg  100 
 
 
74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.812999  normal  0.19275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00997597  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0100237  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0180356  normal  0.677602 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0174897  normal  0.909079 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0079  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0080  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0078  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0081  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0061  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0387669  normal  0.530888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0055  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.35355  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0056  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364082  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0062  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0382605  normal  0.525987 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0060  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0229671  normal  0.529738 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0057  tRNA-Arg  97.3 
 
 
77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.477041  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4608  tRNA-Arg  97.1 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4607  tRNA-Arg  97.1 
 
 
79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52540  tRNA-Arg  97.1 
 
 
74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000136889  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52550  tRNA-Arg  97.1 
 
 
74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000730031  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t25  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.205972  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t26  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.199412  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA54  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00144868  normal  0.459831 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA55  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00383628  normal  0.467679 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0034  tRNA-Arg  98.31 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000269969  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R68  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000247988  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R69  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000230039  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R70  tRNA-Arg  96.83 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000026537  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0033  tRNA-Arg  98.31 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000989089  hitchhiker  0.000000187965 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0032  tRNA-Arg  98.31 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000959667  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00046  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00171034  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00047  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000114656  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00048  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000020417  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00049  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00002117  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0021  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  7.81714e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0022  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000202017  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0023  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000161403  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0024  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000881363  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3937  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000231396  normal  0.899898 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3938  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000266578  normal  0.898154 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3939  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000323464  normal  0.878654 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3026  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000587212  decreased coverage  0.00000637793 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2814  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000233907  hitchhiker  0.000209563 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0028  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000113112  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2972  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000972805  decreased coverage  0.000049026 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3940  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000316787  normal  0.873101 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3402  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000812261  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2941  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000791828  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0027  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000577266  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0068  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000342044  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60460  tRNA-Arg  94.2 
 
 
74 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204002  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4690  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.01882e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0070  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000394682  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2815  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000206258  hitchhiker  0.000196264 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5060  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000763058  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0025  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000117209  hitchhiker  0.00392974 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5059  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000127208  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4688  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000105665  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60470  tRNA-Arg  94.2 
 
 
74 bp  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.302524  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3007  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0130916  hitchhiker  0.0000187167 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0071  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000398484  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3023  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00222137  hitchhiker  0.0000130091 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3025  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000605333  hitchhiker  0.0000124433 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3132  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000296621  hitchhiker  0.00734421 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3008  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00423056  hitchhiker  0.0000193461 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3010  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000160171  hitchhiker  0.0000213321 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3009  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00101658  hitchhiker  0.0000207447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0026  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00141973  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2974  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000306621  decreased coverage  0.0000505699 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2973  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000185048  decreased coverage  0.0000513865 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2940  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000500843  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2975  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000354138  decreased coverage  0.0000521944 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2943  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000101513  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2942  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000946931  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3130  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000278936  hitchhiker  0.00759895 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3131  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000383437  hitchhiker  0.00759895 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0022  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0024  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.968196  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0069  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000338486  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2813  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000234926  hitchhiker  0.000405457 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0029  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000579365  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2816  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000178487  hitchhiker  0.000205379 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0072  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000163707  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0023  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.978432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0071  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000014957  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3133  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000262768  hitchhiker  0.00744411 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0030  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000590323  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0073  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000674469  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0070  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000135454  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4689  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.97253e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0026  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000629117  hitchhiker  0.00379847 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5062  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000187047  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5061  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000841029  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4691  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.89876e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3303  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.00797e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3024  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000763539  hitchhiker  0.0000122592 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0028  tRNA-Arg  98.25 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000595949  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3311  tRNA-Arg  98.25 
 
 
79 bp  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.02853e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>