More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0007 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  93.06 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1532  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0037  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000145223 
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0018  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0239908  hitchhiker  0.00100418 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0031  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.464558  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0020  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00007  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0241  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.628692  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0058  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0053  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>