255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0033 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.434346  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 74 bp  121  1.9999999999999998e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  93.42 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  89.39 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0028  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00106807  normal  0.150294 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0048  tRNA-Leu  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.223448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0015  tRNA-Arg  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00000253898  normal  0.0315467 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0022  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00550976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  87.88 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00454117  normal  0.0684867 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0001  tRNA-Arg  96.88 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0009  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000152408  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0006  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2138  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0224464  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0018  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0011  tRNA-Arg  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.721893  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>