231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0039 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 79 bp  123  6e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  91.04 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3789  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.966452  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0020  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0817304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0007  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.173702  normal  0.696884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0067  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5013  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0081  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0582  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4647  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.695666  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0011  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0234667  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0638  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.737204  normal  0.415915 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>