147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TRQ2_R0022 on replicon NC_010483
Organism: Thermotoga sp. RQ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0033  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0053  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00902576 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0037  tRNA-Arg  88.16 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0477837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0030  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54758  normal  0.411932 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0036  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.957158  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0043  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0685094  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0041  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.707776  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  85.33 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0026  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.198088  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0039  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.364679  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0032  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191014  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0041  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.335788  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0031  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0019  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0077  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.437755 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0048  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.480879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  84.72 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0033    89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.465257  normal  0.162996 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0011  tRNA-Arg  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0234667  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0036  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA24  tRNA-Arg  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0111791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0023  tRNA-Arg  91.49 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.731836  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0029    90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.189248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0955  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0134122  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0098  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.108122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0065  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0025488  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0049  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>