274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_R0040 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0050  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0048  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.759858 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0048  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.195029  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0050  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0041  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0001  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0031  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0048271  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0029  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt24  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt24  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0787  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.506305  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0682  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.868676  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>