299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_R0088 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0026  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.423722 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0027  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4570  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.188546  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0027  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.005  hitchhiker  0.000281231 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309117  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0008  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000700916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0005  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309161  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309086  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  86.11 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0709  tRNA-Val  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0034  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000649431  normal  0.612549 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0033  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.974847  normal  0.895856 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0581  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.162856  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  90.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0028  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000461136  normal  0.88573 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  85.51 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0034  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.9068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0005  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000374311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>