299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smal_R0049 on replicon NC_011071
Organism: Stenotrophomonas maltophilia R551-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  98.65 
 
 
78 bp  131  3e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  98.65 
 
 
78 bp  131  3e-29  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  97.26 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  94.52 
 
 
79 bp  113  6e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  94.52 
 
 
77 bp  113  6e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  93.55 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0097  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000131454  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0042  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.046483  hitchhiker  0.00783232 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0036  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0035  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0022  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00548684  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0039  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0446173  hitchhiker  0.00751458 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0049  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000321594  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0023  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00552371  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0037  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0424751  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t083  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0043  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0814997  hitchhiker  0.00811057 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0053  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000298412  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t087  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t088  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t089  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0056  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000025331  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0040  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409626  hitchhiker  0.00769115 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0034  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0228337  hitchhiker  0.00733773 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0050  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000319175  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0115  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.125071  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0041  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0453151  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0051  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000808669  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0065  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00979442  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0043  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000076274  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0052  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000305181  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0045  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000811404  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0055  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000268811  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0047  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0049  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000951803  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0044  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000145436  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0107  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0046  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000251633  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0108  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000608145 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0048  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000258429  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0050  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000285185  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0109  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00006448 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0112  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.456139  hitchhiker  0.0000639392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0110  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.607577  hitchhiker  0.0000634029 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0114  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.195511  hitchhiker  0.0000613432 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0113  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.196307  hitchhiker  0.0000602904 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0042  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000133594  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0044  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000151065  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0059  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000542339  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0046  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098167  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0048  tRNA-Arg  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000451917  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna113  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00652394  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna114  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0142172  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03503  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03504  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03501  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna109  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000319749  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna108  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000789461  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna111  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00293303  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna110  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00293303  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03500  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03499  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0005  tRNA-Arg  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000374311  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna112  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00685075  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03502  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03506  tRNA-Arg  94.55 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna106  tRNA-Arg  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000169695  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0077  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000716248  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0081  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000923685  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0079  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000061602  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0083  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000215013  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0082  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000302683  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0080  tRNA-Arg  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000233743  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  91.94 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0106  tRNA-Arg  97.78 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000188181  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0104  tRNA-Arg  97.78 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000547181  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>