More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_R0064 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309129  tRNA-Arg  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.751283  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0020  tRNA-Arg  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0247478  normal  0.430055 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0023  tRNA-Arg  94.83 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.601001  normal  0.725234 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAArgVIMSS1309170  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.269731  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAArgVIMSS1309268  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.292305 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  97.67 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0057  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0012  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0409907  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0067  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0052  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280732  normal  0.142339 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAArgVIMSS1309209  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAArgVIMSS1309379  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0734599  normal  0.0320984 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.578717  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1467  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2039  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.000000359807  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1760  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0047026  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0029  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0017  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0421283  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0029  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.179908  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAArgVIMSS1309097  tRNA-Arg  97.3 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0031  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000138998  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0075  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000307133  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1682  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.788721  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000104692  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0057  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0035  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000581838  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0021  tRNA-Arg  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00000000548378  normal  0.148026 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1167  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.394373 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0473563  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2498  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000280083  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0034  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000100399  hitchhiker  0.00520953 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0123  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.553606  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0062  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0906817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2907  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000134829  hitchhiker  0.0000000000437097 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1769  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000113481  normal  0.0122655 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1603  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>