187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GYMC61_R0109 on replicon NC_013411
Organism: Geobacillus sp. Y412MC61



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013411  GYMC61_R0109  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96 
 
 		 80 bp  125  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000168657  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0091  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000000502507  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0101  tRNA-Arg  96 
 
 		 77 bp  125  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0040  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0015  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0299622  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0084  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000200461  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  88 
 
 		 80 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000152182  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5793  tRNA-Arg  88 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000551113  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000000000137515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0120  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000162485  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4566  tRNA-Arg  88 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0042  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000000705596  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0638  tRNA-Arg  88 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0048  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0046  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.712276  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0048  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0045  tRNA-Arg  89.86 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0259026  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09730  tRNA-Arg  88.41 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_003295  RS05228  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0026  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.863353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0030  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.220532  normal  0.0165224 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0009  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0043  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000059737 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0844  tRNA-Arg  92 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.998646  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0088  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.706466  normal  0.421027 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0051  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0052  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000819113  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0034  tRNA-Arg  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.299722  normal  0.0234425 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0046  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.497461 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0055  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0855859  hitchhiker  0.00187773 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0006  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.214285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0040  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000422727  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0013  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0934099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t09  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.146869  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0049  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  90.57 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0026  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000798043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0088  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.56142e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0027  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0713  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2520  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00150959  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2523  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000187168  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2531  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000138552  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2622  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.130874  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2224  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000681563  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2227  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000134564  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2235  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000178277  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2308  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00164711  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0034  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0034  tRNA-Arg  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.193658  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0021  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.489181  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 80 bp  52  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>