298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0004 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  97.26 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 78 bp  123  6e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  95.89 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt19  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt18  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0020  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.845791  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1005  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0903  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 79 bp  105  1e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0005  tRNA-Arg  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000374311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0025  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0039  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0291069  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0024  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1260  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.285329  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0045  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739134 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1317  tRNA-Arg  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0566482  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0001  tRNA-Arg  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.696589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0020  tRNA-Arg  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000211793  normal  0.0116052 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0035  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000279493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0036  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000466026  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0037  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000454373  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0004  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000109106  hitchhiker  0.000000979615 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0024  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0097  tRNA-Arg  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000131454  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0034  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0228337  hitchhiker  0.00733773 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0114  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00529639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0052  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000305181  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01507  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000147856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0023  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00552371  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2652  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0122696  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t083  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0049  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000321594  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3012  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.686481  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t087  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t088  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t089  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1960  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.158848  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0043  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0173642  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0076  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00038438  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0040  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0409626  hitchhiker  0.00769115 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3045  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3046  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0395002  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0818  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2945  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0156149  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1589  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00193926  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1590  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000176536  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0050  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000319175  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0116  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000643012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0041  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0453151  hitchhiker  0.00788518 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0022  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00548684  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0062  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0063  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0051  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000808669  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0053  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000298412  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0009  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0136864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0065  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00979442  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0043  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000076274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0045  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000811404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0819  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0047  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000959117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0049  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000951803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0044  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000145436  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3011  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.437147  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0046  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000251633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0037  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0424751  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0048  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000258429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0050  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000285185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1961  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232967  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2946  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0142864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0035  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0036  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0028  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000191779  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0029  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0030  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0027  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0248505  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0028  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00884611  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0029  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0042  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000133594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0044  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000151065  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0042  tRNA-Arg  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.046483  hitchhiker  0.00783232 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>