299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0024 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0004  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna10  tRNA-Arg  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.107608  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0048  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0071188  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna11  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.163451  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0049  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00771179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0050  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.0039275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0050  tRNA-Arg  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0050  tRNA-Arg  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.557723  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0006  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000140525  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0015  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.006627  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0009  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000206186  hitchhiker  0.00000000390519 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0043  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000141342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0084  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171373  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479679 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0004  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0201744  hitchhiker  0.000641347 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0026  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.338474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0005  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.0000374311  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100318  hitchhiker  0.00586866 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454934  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.574401  hitchhiker  0.000034907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0061  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.312236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4595  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.372122  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0001  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00323703  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0027  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0056  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.159336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0029  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0114  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00529639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0115  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000730422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0116  tRNA-Arg  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000643012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0030  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000476466  normal  0.507447 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0056  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0057  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01507  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000147856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0030  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0479524  normal  0.8526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0043  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0103338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0032  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.121216  normal  0.785903 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0030  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103236  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0043  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0173642  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0076  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00038438  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0029  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00109449  normal  0.51543 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3045  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3046  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0395002  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0028  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00103992  normal  0.512029 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0036  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000227912  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0037  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000021714  normal  0.246057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0038  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000220683  normal  0.24364 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0029  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.102871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0028  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.110227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1589  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00193926  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1590  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000176536  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0044  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0636515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0062  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0063  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0009  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0136864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0081  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120582  normal  0.0141805 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0011  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00226838  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0012  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00501497  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0013  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0010358  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0031  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0292671  normal  0.864836 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0028  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000191779  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0029  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0030  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0027  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0248505  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0028  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00884611  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0029  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00243187  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3012  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.686481  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1961  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232967  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1960  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.158848  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3011  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.437147  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2946  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0142864  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0058  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0818  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0819  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0036  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0602741  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2651  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00638973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2652  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0122696  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2945  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0156149  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6004  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105111  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>