299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6004 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_R0060  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.864941  normal  0.898441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.702831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.105111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0007  tRNA-Arg  97.14 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.218909  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0008  tRNA-Arg  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0021  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0000000063734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0022  tRNA-Arg  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000000656086  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0025  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171373  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0036  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0602741  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0028  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.110227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0084  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0031  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0292671  normal  0.864836 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2652  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0122696  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2651  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00638973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2946  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0142864  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2945  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0156149  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01507  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000147856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0030  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000476466  normal  0.507447 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0056  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0058  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0043  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0173642  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0076  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00038438  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3045  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3046  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0395002  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0036  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000227912  normal  0.244901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0037  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000021714  normal  0.246057 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0038  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000220683  normal  0.24364 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0037  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1589  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00193926  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1590  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000176536  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3011  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.437147  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0029  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.102871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0062  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.175369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0063  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0030  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0479524  normal  0.8526 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0032  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.121216  normal  0.785903 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0009  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0136864  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0081  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.120582  normal  0.0141805 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0011  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00226838  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0012  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00501497  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0013  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.0010358  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0061  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.312236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0819  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0818  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0026  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.338474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0028  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00103992  normal  0.512029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0043  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0103338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0029  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00109449  normal  0.51543 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1961  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232967  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1960  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.158848  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3012  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.686481  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0028  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000191779  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0029  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0030  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000599175  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0027  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0248505  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0028  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00884611  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0029  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00243187  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0030  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.103236  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0010  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000479679 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0044  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0636515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0057  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0007  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.454934  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0045  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000100318  hitchhiker  0.00586866 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0006  tRNA-Arg  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.574401  hitchhiker  0.000034907 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0061  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0387669  normal  0.530888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0057  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.477041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0024  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0021  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222164  normal  0.330692 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0056  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.364082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0055  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.35355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0060  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0229671  normal  0.529738 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0062  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0382605  normal  0.525987 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0021  tRNA-Arg  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.619754 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0033  tRNA-Arg  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3134t  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0033  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000989089  hitchhiker  0.000000187965 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3131t  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4607  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3132t  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0034  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00579174  normal  0.03113 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52540  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000136889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52550  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000730031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0034  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000269969  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3129t  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4608  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3133t  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3135t  tRNA-Arg  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.669917  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0032  tRNA-Arg  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000000959667  hitchhiker  0.000000184359 
 
 
-
 
NC_006368  lppt32  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt32  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5059  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000127208  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0021  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  7.81714e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0039  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0446173  hitchhiker  0.00751458 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0036  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0037  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0424751  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0035  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.042903  hitchhiker  0.00756104 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>